Εκείνοι που αντιτίθενται στα γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα περιλαμβάνουν ένα ευρύ φάσμα ομάδων συμφερόντων, από την Greenpeace έως τις ενώσεις αγροτών έως τις χριστιανικές εκκλησίες και ούτω καθεξής. Η αντίθεσή τους συγκεντρώνεται σε τρεις τομείς:
Πρώτον, η γενετική τροποποίηση είναι κατά της φύσης και, ως εκ τούτου, επιβλαβής. Οι υποστηρικτές ανταπάντησαν ότι οι σημερινές καλλιέργειες δεν είναι πλέον πρωτόγονες ποικιλίες, διαφορετικά τα λαχανικά που τρώνε οι άνθρωποι πρέπει να είναι τα ίδια με το γρασίδι που τρώνε τα ζώα.
Δεύτερον, αφού εισαχθούν γονίδια με αντοχή στα ζιζανιοκτόνα ή τοξικές λειτουργίες θανάτωσης παρασίτων στα φυτά, είναι τα τρόφιμα που παρέχουν ασφαλή για τον άνθρωπο; Σε απάντηση σε αυτό, οι υποστηρικτές τόνισαν ότι μέχρι τώρα, κανένα ειδικευμένο ερευνητικό ίδρυμα δεν έχει βρει στοιχεία ότι τα γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα βλάπτουν την ανθρώπινη υγεία, αλλά ο μακροπρόθεσμος αντίκτυπός τους μπορεί μόνο να συναχθεί και είναι δύσκολο να συγκεντρωθούν ολοκληρωμένα στοιχεία για να πείσουν τους ανθρώπους.
Τρίτον, είναι δυνατόν η προώθηση των γενετικά τροποποιημένων φυτών να επηρεάζει υπερβολικά τη γεωργία και το οικολογικό περιβάλλον; Η προώθηση γενετικά τροποποιημένων καλλιεργειών που είναι ανθεκτικές στα βογγητά μπορεί να ενθαρρύνει τους γεωργούς να καταχρώνται υπερβολικά τα βογγητά, βλάπτοντας έτσι ή ακόμη και την εξαφάνιση ορισμένων μη κύριων καλλιεργειών. Πολλοί αγρότες στις αναπτυσσόμενες χώρες χρησιμοποιούν τέτοιες μη κύριες καλλιέργειες ως συμπληρωματικά τρόφιμα ή ως ζωοτροφές. Η Αμερικανική Υπηρεσία Αλιείας και Άγριας Ζωής ανακάλυψε ότι 74 είδη φυτών απειλούνται από τις επιπτώσεις των βογγητοκτόνων.