Το παθογόνο είναι ένας συλλογικός όρος για μικροοργανισμούς και παράσιτα που μπορούν να προκαλέσουν ασθένειες. Οι μικροοργανισμοί αντιπροσωπεύουν τη συντριπτική πλειοψηφία, συμπεριλαμβανομένων των ιών, των χλαμυδίων, της ρικετσίας, του μυκοπλάσματος, των βακτηρίων, των σπιροτσέδων και των μυκήτων. τα παράσιτα περιλαμβάνουν κυρίως πρωτόζωα και σκουλήκια. Τα παθογόνα είναι παρασιτικοί οργανισμοί και οι φυσικοί ξενιστές που παρασιτοποιούνται είναι ζώα, φυτά και άνθρωποι. Υπάρχουν περισσότερα από 400 είδη μικροοργανισμών που μπορούν να μολύνουν τους ανθρώπους και είναι ευρέως παρόντες στο ανθρώπινο στόμα, τη μύτη, τον φάρυγγα, το πεπτικό σύστημα, το ουρογεννητικό σύστημα και το δέρμα.
Όλοι μπορούν να μολυνθούν από περισσότερα από 150 είδη παθογόνων στη ζωή τους. Υπό την προϋπόθεση της φυσιολογικής ανθρώπινης ανοσολογικής λειτουργίας, δεν θα προκαλέσουν ασθένειες και μερικοί είναι ακόμη και επωφελείς για το ανθρώπινο σώμα. Για παράδειγμα, η εντερική χλωρίδα (E. coli, κ.λπ.) μπορεί να συνθέσει πολλαπλές βιταμίνες. Η ύπαρξη αυτής της χλωρίδας μπορεί επίσης να εμποδίσει την αναπαραγωγή ορισμένων πιο παθογόνων βακτηρίων, οπότε αυτοί οι μικροοργανισμοί ονομάζονται φυσιολογική μικροβιακή χλωρίδα. Αλλά όταν μειώνεται η ανοσία του σώματος, η ισορροπία μεταξύ ανθρώπων και μικροοργανισμών είναι Όταν καταστρέφεται, η φυσιολογική χλωρίδα μπορεί επίσης να προκαλέσει ασθένειες, επομένως ονομάζονται επίσης παθογόνα υπό όρους (παθογόνα υπό όρους). Το αν το σώμα δέχεται επίθεση από παθογόνο ή όχι, αφενός, σχετίζεται με τη δική του ανοσία, αφετέρου, εξαρτάται επίσης από την παθογένεια του παθογόνου παράγοντα και τον αριθμό των εισβολών. Γενικά, όσο μεγαλύτερος είναι ο αριθμός, τόσο μεγαλύτερη είναι η πιθανότητα ασθένειας. Συγκεκριμένα, τα παθογόνα με ασθενέστερη παθογένεια απαιτούν μεγαλύτερη ποσότητα για να προκαλέσουν ασθένεια. Μερικοί μικροοργανισμοί είναι αρκετά παθογόνοι και μπορούν να προκαλέσουν ασθένειες με ελαφριές λοιμώξεις, όπως πανώλη, ευλογιά και λύσσα.