Οι μικροοργανισμοί περιλαμβάνουν: βακτήρια, ιούς, μύκητες και μερικούς μικρούς πρωτιστές, μικροφύκη κ.λπ., συμπεριλαμβανομένης μιας μεγάλης ομάδας οργανισμών. Είναι μικροσκοπικά και στενά συνδεδεμένα με τον άνθρωπο. Καλύπτει πολλούς τύπους ευεργετικών και επιβλαβών, καλύπτοντας τα τρόφιμα, την ιατρική, τη βιομηχανία και τη γεωργία, την προστασία του περιβάλλοντος, τον αθλητισμό και πολλούς άλλους τομείς. Στα κινεζικά εγχειρίδια, οι μικροοργανισμοί χωρίζονται στις ακόλουθες 8 κατηγορίες: βακτήρια, ιούς, μύκητες, ακτινομυκητά, rickettsiae, μυκοπλάσμα, χλαμύδια και σπιροτσέτες. Ορισμένοι μικροοργανισμοί είναι ορατοί με γυμνό μάτι, όπως μανιτάρια, Ganoderma lucidum και μανιτάρια shiitake που ανήκουν σε μύκητες. Οι μικροοργανισμοί είναι επίσης "μη κυτταρικοί οργανισμοί" που αποτελούνται από μερικά συστατικά όπως νουκλεϊκά οξέα και πρωτεΐνες.
