Το μικροσκόπιο φθορισμού και το συνηθισμένο μικροσκόπιο έχουν τις ακόλουθες διαφορές
1. Η μέθοδος φωτισμού είναι συνήθως επι-φωτισμός, δηλαδή, η πηγή φωτός προβάλλεται στο δείγμα μέσω του αντικειμενικού φακού.
2. Η πηγή φωτός είναι υπεριώδες φως, το μήκος κύματος είναι μικρότερο και η ανάλυση είναι υψηλότερη από αυτή των συνηθισμένων μικροσκοπίων.
3. Υπάρχουν δύο ειδικά φίλτρα. Το ένα μπροστά από την πηγή φωτός χρησιμοποιείται για το φιλτράρισμα του ορατού φωτός και αυτό μεταξύ του προσοφθάλμιου φακού και του αντικειμενικού φακού χρησιμοποιείται για το φιλτράρισμα των υπεριωδών ακτίνων για την προστασία των ανθρώπινων ματιών.