Η δισδιάστατη τεχνολογία ηλεκτροφόρησης πηκτής και η τεχνολογία φασματομετρίας μάζας είναι σήμερα οι πιο ευρέως χρησιμοποιούμενες μέθοδοι για τη μελέτη της πρωτεομικής. Η δισδιάστατη τεχνολογία ηλεκτροφόρησης πηκτής χρησιμοποιεί το πρωτεϊνικό ισοηλεκτρικό σημείο και τη μοριακή διαφορά βάρους για να διακρίνει τις διάφορες πρωτεΐνες. Αν και είναι δύσκολο να διακρίνουμε τις πρωτεΐνες χαμηλής αφθονίας με δισδιάστατη ηλεκτροφόρηση πηκτής, έχει υψηλότερες απαιτήσεις για λειτουργία, αλλά η υψηλής ποιότητας, η καλή ανάλυση και αναπαραγωγιμότητα και τα χαρακτηριστικά της σε συνδυασμό με φασματομετρία μάζας την καθιστούν τις πιο δημοφιλείς και αξιόπιστες ερευνητικές μεθόδους Της Πρωτεομικής. Η δισδιάστατη τεχνολογία ηλεκτροφόρησης πηκτής και οι ερευνητικές διαδικασίες πρωτομετρίας μάζας που βασίζονται στη φασματομετρία είναι προετοιμασία δείγματος→ισοηλεκτρική εστίαση→πολυακρυλαμίδιο gel ηλεκτροφόρηση→gel λεκέ η →διαγράφει τα πρωτεϊνικά σημεία ενδιαφέροντος→in-gel digestion→mass ανάλυση φασματομετρίας για να καθορίσει το δακτυλικό αποτύπωμα πεπτιδίων ή τη μερική ακολουθία αμινοξέων→χρησιμοποιήστε τη βάση δεδομένων για να προσδιορίσετε την πρωτεΐνη. Η έρευνα πρωτεομικής απαιτεί διαχωρισμό πρωτεϊνών υψηλής ανάλυσης και ακριβείς και ευαίσθητες τεχνικές ταυτοποίησης φασματομετρίας μάζας. Ο χρωματισμός των πρωτεϊνών στην ηλεκτροφόρηση πηκτής όχι μόνο επηρεάζει την ανάλυση του διαχωρισμού πρωτεϊνών, αλλά επηρεάζει επίσης την επακόλουθη αναγνώριση φασματομετρίας μάζας. Η χρώση πρωτεϊνών μπορεί να χωριστεί σε τέσσερις κατηγορίες: οργανική χρώση αντιδραστηρίου, χρώση αργύρου, χρώση φθορισμού και χρωματισμός ισοτόπων.
Unlu et al. πρότεινε μια διαφορική εμφάνιση φθορισμού δισδιάστατη ηλεκτροφόρηση (F-2D-DIGE) ποσοτική μέθοδο ανάλυσης πρωτεομικής. Διαφορική ηλεκτροφόρηση πηκτής (DIGE) είναι μια τεχνική βελτίωση του 2-DE. Συνδυάζει τη μέθοδο της ανάλυσης πολλαπλών φθορισμού. Διαχωρίζει πολλαπλά δείγματα που επισημαίνονται με διαφορετικό φθορισμό στο ίδιο πήκτωμα και εισάγει το εσωτερικό Η υποκείμενη έννοια. Οι πρωτεΐνες στα δύο δείγματα αναμειγνύονται με διαφορετικές ετικέτες φθορισμού για την εκτέλεση 2-DE για την ανίχνευση της έκφρασης της πρωτεΐνης στα δύο δείγματα, γεγονός που βελτιώνει σημαντικά την ακρίβεια, την αξιοπιστία και την επαναληψιμότητα των αποτελεσμάτων. Στην τεχνολογία DIGE, κάθε σημείο πρωτεΐνης έχει το δικό του εσωτερικό πρότυπο και το λογισμικό μπορεί να βαθμονομήσει αυτόματα την έκφρασή του σύμφωνα με το εσωτερικό πρότυπο κάθε σημείου πρωτεΐνης για να διασφαλίσει ότι οι εντοπισμένες αλλαγές στην αφθονία πρωτεϊνών είναι αληθείς. Η τεχνολογία DIGE έχει εφαρμοστεί σε διάφορα δείγματα.