Υπάρχουν δύο κύριες πτυχές, η μία είναι η δομική πρωτοτομική και η άλλη είναι η λειτουργική πρωτοτομική. Τα ερευνητικά της σύνορα χωρίζονται σε τρεις τομείς:
(1) Να καθιερώσει το πρωτέωμα ή το υποπρωτίδιο και την ομάδα σύνδεσης του πρωτόμετρου για οργανισμούς ή κύτταρα ιστών που σχετίζονται με τη βάση δεδομένων γονιδιώματος ή μεταγραφίου, δηλαδή την συστατική πρωτοτομική.
(2) Εκτελέστε τοπική πρωτεομική ή συγκριτική πρωτοτομική σημαντικών φυσιολογικών και παθολογικών συστημάτων ή διεργασιών για σημαντικές διαδικασίες ζωής ή μείζονες ανθρώπινες ασθένειες.
(3) Να μελετήσει την αλληλεπίδραση μεταξύ των πρωτεϊνών μέσω μιας ποικιλίας προηγμένων τεχνολογιών και να χαρτογραφήσει τις πρωτεΐνες ενός συγκεκριμένου συστήματος, δηλαδή διαδραστική πρωτεομική, επίσης γνωστή ως πρωτεομική "κυτταρικός άτλαντας".
Επιπλέον, με την εμβάθυνση της πρωτοτομικής έρευνας, έχουν προκύψει ορισμένες νέες ερευνητικές κατευθύνσεις, όπως η υποκυτταρική πρωτοτομική και η ποσοτική πρωτοτομική. Η πρωτεομική είναι μια σημαντική ερευνητική μέθοδος της συστημικής βιολογίας.