Υγρή χρωματογραφία υψηλής απόδοσης (HPLC)

Αν και η δισδιάστατη ηλεκτροφόρηση πηκτής (2-DE) είναι μια κοινώς χρησιμοποιούμενη μέθοδος για την ανάλυση ολόκληρου του πρωτεώματος, έχει περιορισμούς όπως περιορισμένη ικανότητα διαχωρισμού, διακριτικό αποτέλεσμα και πολύπλοκες διαδικασίες λειτουργίας. Συχνά είναι δύσκολο να ληφθούν ικανοποιητικά αποτελέσματα για την ανάλυση μεγάλου δυναμικού εύρους, χαμηλής αφθονίας και υδρόφοβων πρωτεϊνών. Οι Chong et al. χρησιμοποίησε HPLC / φασματομετρία μάζας για σύγκριση και ανάλυση της διαφορικής έκφρασης των προ-κακοηθών και καρκινικών πρωτεϊνών. Η πρωτεΐνη διαχωρίστηκε με HPLC, και τα συλλεχθέντα κλάσματα ταυτοποιήθηκαν με MALDI-TOF-MS, έτσι ώστε η πρωτεΐνη να αναλυθεί ποσοτικά στη διαφορική έκφραση των δύο ειδών κυττάρων. Ως νέος τύπος τεχνολογίας διαχωρισμού, η πολυδιάστατη υγρή χρωματογραφία δεν έχει τον περιορισμό της σχετικής μοριακής μάζας και του ισοηλεκτρικού σημείου. Μέσω του συνδυασμού διαφορετικών τρόπων, εξαλείφει τη διακριτική επίδραση της δισδιάστατης ηλεκτροφόρησης γέλης. Έχει τα χαρακτηριστικά υψηλής χωρητικότητας και εύκολου αυτοματισμού Η δισδιάστατη χρωματογραφία αντίστροφης φάσης ανταλλαγής ιόντων (2D-IEC-RPLC) είναι το συνηθέστερα χρησιμοποιούμενο πολυδιάστατο σύστημα διαχωρισμού υγρής χρωματογραφίας στην έρευνα πρωτεϊμικής.