Γονίδια με ειδικές λειτουργίες "επιπλέουν" σε παρόμοια άγρια στελέχη φυτών, καθιστώντας τα ανθεκτικά στα βογγητά και δύσκολο να ελεγχθούν. ή προκαλώντας παράσιτα να παράγουν αντισώματα κατά των εντομοκτόνων. Επιπλέον, ορισμένα μικρά πλάσματα μπορεί να εξαφανιστούν μετά την κατανάλωση γενετικά τροποποιημένων φυτών με εντομοκτόνες λειτουργίες. Οι υποστηρικτές επεσήμαναν ότι η ίδια η γεωργική παραγωγή είναι μια δραστηριότητα που βλάπτει το περιβάλλον και οι γενετικά τροποποιημένες καλλιέργειες δεν θα προκαλέσουν μεγαλύτερη ζημιά στο περιβάλλον από την παραδοσιακή γεωργία. Τα φυτά έχουν την ικανότητα να αντιστέκονται στα έντομα και οι αγρότες μπορούν να μειώσουν τον ψεκασμό εντομοκτόνων, ο οποίος είναι ευεργετικός για το περιβάλλον και τη βιολογική προστασία.
Τέτοιες διαφορές δεν είναι εύκολο να εξαχθούν συμπεράσματα σε σύντομο χρονικό διάστημα. " διαμάχη σχετικά με τις γενετικά τροποποιημένες καλλιέργειες πρέπει να θεωρηθεί φυσιολογικό φαινόμενο. Πρώτα απ 'όλα, οι ίδιες οι πρόσφατα αναπτυγμένες ποικιλίες δεν είναι τέλειες και οι μεσοπρόθεσμες έως μακροπρόθεσμες επιπτώσεις τους στο ανθρώπινο σώμα και το περιβάλλον παραμένουν να παρατηρηθούν. Οι άνθρωποι εκφράζουν τις ανησυχίες τους για νόμιμους λόγους. Δεύτερον, θα υπάρχουν πάντα ορισμένοι συντηρητικοί άνθρωποι που δεν είναι συνηθισμένοι σε προϊόντα νέας τεχνολογίας και αρνούνται να τα δεχτούν. Έπειτα, υπάρχει ο αντίκτυπος των εμπορικών συγκρούσεων συμφερόντων. Οι κυβερνήσεις και οι ομάδες συμφερόντων ορισμένων χωρών χρησιμοποιούν την ανεπάρκεια των γενετικά τροποποιημένων τροφίμων για να καταπολεμήσουν τους εμπορικούς πολέμους, καθιστώντας τα πράγματα πιο περίπλοκα.