Από το 2013, δεν υπάρχει σαφής ταξινόμηση των γενετικά τροποποιημένων τροφίμων και μπορούν να γίνουν διαφορετικές ταξινομήσεις σύμφωνα με διαφορετικά πρότυπα σύμφωνα με την πρακτική.
Ανάλογα με το αν το γενετικά τροποποιημένο τρόφιμο περιέχει γενετικά τροποποιημένη πηγή ως πρότυπο, μπορεί να χωριστεί στους ακόλουθους τρεις διαφορετικούς τύπους:
(1) Τα γενετικώς τροποποιημένα τρόφιμα που δεν περιέχουν γενετικώς τροποποιημένα τρόφιμα αναφέρονται σε τρόφιμα που προέρχονται από γενετικώς τροποποιημένους οργανισμούς, αλλά τα ίδια τα προϊόντα δεν περιέχουν μεταφερόμενα γονίδια.
(2) Τα γενετικώς τροποποιημένα τρόφιμα περιέχουν γενετικώς τροποποιημένα συστατικά, αλλά τα χαρακτηριστικά τους έχουν αλλάξει κατά τη διάρκεια της επεξεργασίας και τα μεταφερόμενα δραστικά γονίδια δεν υπάρχουν πλέον σε γενετικώς τροποποιημένα τρόφιμα.
(3) Τα γενετικώς τροποποιημένα τρόφιμα περιέχουν ενεργά γενετικά συστατικά. Αφού οι άνθρωποι τρώνε τέτοιους γενετικά τροποποιημένους οργανισμούς ή τρόφιμα, τα μεταφερόμενα γονίδια και τα εγγενή γονίδια των οργανισμών θα επηρεάσουν το ανθρώπινο σώμα.